
ผ่านไป 14 ปี ชินจิตื่นขึ้นมาบนเรือรบเอเอเอ วุนเดอร์ขององค์กรต่อต้านเนิร์ฟที่ก่อตั้งโดยอดีตสมาชิกของเนิร์ฟ ชินจิได้ยินเสียงของเรย์ดังมาจากอีวามาร์ค 09 ที่ถูกส่งมาช่วยเขา เขาจึงหนีออกจากวุนเดอร์และมุ่งหน้าไปยังเนิร์ฟ คาโวรุ นางิสะพาชินจิไปดูดินแดนที่กลายสภาพ เขาจึงได้รู้ว่าการช่วยชีวิตเรย์ส่งผลให้เกิดเนียร์เธิร์ดอิมแพกต์ที่ทำลายล้างโลกอย่างราบคาบ
Fourteen years after Third Impact, Shinji Ikari awakens to a world he does not remember. He hasn't aged. Much of Earth is laid in ruins, NERV has been dismantled, and people who he once protected have turned against him. Befriending the enigmatic Kaworu Nagisa, Shinji continues the fight against the angels and realizes the fighting is far from over, even when it could be against his former allies. The characters' struggles continue amidst the battles against the angels and each other, spiraling down to what could inevitably be the end of the world.