
ย้อนไปในสมัยมุโรมาจิ เมื่อศตวรรษที่ 16 พ่อของฮัคคิมารูได้มอบร่างกายลูกของตนให้กับปีศาจโยไคทั้ง 48 ตนเพื่อแลกกับอำนาจที่สามารถครอบครองประเทศได้ ภายหลังเขาได้อวัยวะกลมาทดแทนทำให้เขาต้องออกตามหาอวัยวะทั้งหมดที่เหลือให้ครบ
Hyakkimaru, a warrior on a quest to reclaim 48 of his body parts which were each taken by a demon, is joined by Dororo, a thief on a quest to avenge the death of her parents.